Działanie magistrali SCSI opiera się na wymianie rozkazów i danych pomiędzy dwoma dowolnymi urządzeniami podłączonymi do magistrali. Najkrócej tę współpracę można opisać posługując się analogią do modelu klient-serwer. Klient wysyła żądanie do serwera; serwer reaguje odesłaniem odpowiedzi. Adapter zainstalowany w komputerze wysyła do dysku twardego żądanie przesłania określonej porcji danych. Dysk odczytuje z talerzy odpowiednie dane i przesyła je magistralą do adaptera.
Typowa operacja wymiany danych rozpoczyna się od przejęcia magistrali przez inicjatora. Inicjatorem jest host-adapter lub urządzenie pragnące się skontaktować z host-adapter'em 1. Po uzyskaniu dostępu do magistrali, inicjator adresuje do urządzenia docelowego polecenie SCSI. Jeśli urządzenie docelowe może natychmiast zrealizować żądanie (np. dane znajdują się w cache'u dysku twardego), transmisja odpowiedzi następuje natychmiast. W przeciwnym wypadku (np. konieczne jest odczytanie danych z dysku), urządzenie docelowe odłącza się od magistrali do czasu gdy będzie gotowe do odpowiedzi. W tym czasie magistrala pozostaje wolna i może być wykorzystana przez inne urządzenia. Po jakimś czasie urządzenie docelowe przejmuje magistralę, ponownie łączy się z swoim inicjatorem i przesyła żadaną odpowiedź. Po zakończeniu transmisji urządzenie docelowe nadaje komunikat statusu operacji i odłącza sie od magistrali. Jak widać do wykonania pojedynczej transmisji danych konieczne jest przesłanie magistralą od sześciu do ośmiu rozkazów, których łączny czas trwania może być większy od czasu transmisji 2kB danych.