Pliki konfiguracyjne amanda.conf i disklist umieszczamy w stworzonym w tym celu podkatalogu, katalogu konfiguracyjnego Amandy etc/amanda. Nazwa podkatalogu jest jednocześnie nazwą identyfikującą konfigurację np. w katalogu etc/amanda/DailySet1 znajduje się opis konfiguracji o nazwie DailySet1. Amanda potrafi korzystać jednocześnie z wielu konfiguracji -- definicja każdej z nich umieszczonej w umieszczana jest w odrębnym podkatalogu.
Tworząc nową konfigurację, najlepiej jest oprzeć się na przykładowej konfiguracji o nazwie DailySet1 dostaczonej wraz z oprogramowaniem. Przykładowe pliki amanda.conf i disklist znajdują się w katalogu example w archiwum z kodem źródłowym. Należy je przekopiować do katalogu naszej konfiguracji. W poniższym opisie ograniczymy się jedynie do wyjaśnienia znaczenia najważniejszych opcji pliku oraz tych których wartości musimy zmienić aby dopasować konfigurację do naszych potrzeb.